“Kutsal Kalp Katedrali” olarak da bilinen bu kilisenin inşaatına 1688 yılında başlanmış. 1694 yılında ibadete açılmış, ancak inşaatı sırasında ortaya çıkan bazı zorluklar nedeniyle 1796 yılına kadar kutsanamamış. Yedi ölümcül günahı temsil eden yedi kireçtaşı basamak kilisenin girişine çıkar. Sedef kaplamalı iki kule bir zamanlar şehrin en yüksek yapılarıymış. Ana sunağın altındaki mezar, Panama başpiskoposlarının mezar yeriymiş. Kilise 1941'de Tarihi Ulusal Anıt ilan edilmiş ve şu anda Dünya Mirası Alanı içindedir. Kilise her gün sabah 7'den akşam 7'ye kadar açıktır. Pek çok kişi, onu öpenlere ve Rab'bin Duasını okuyanlara 100 günlük hoşgörü vaat eden Papa Leo XIII'ün haçını görmek için burayı ziyaret ediyor. Ocak 2019'da Papa Francis, restorasyonu tamamlandıktan sonra katedralin açılışını yapmış.
“Merhametli Meryem Ana” olarak bilinen bu kilise, yedi kiliseden orijinal ahşap tavanını korumayı başaran tek kilisedir. Surlarla çevrili şehrin orijinal girişinin yanında yer alır ve ziyaretçilerin karadan girdiklerinde görecekleri ilk yapıdır. Panamá Viejo'nun 1671'de yıkılmasının ardından cemaatçiler, taşları 1620'deki orijinal barok cepheden, yeniden inşa edildiği mevcut konumuna taşımışlar. Geriye kalan tüm taşları yeni şehrin surlarının inşasına yardım etmek için bağışlamışlar. İki atriyum içeriyor; biri Merhametli Meryem Ana'nın şapeli, diğeri ise bir türbe. 2009 yılında, kilisenin kutsal bölümü, artık bir doğum sahnesinin, çeşitli eserlerin ve tarihi 1743'e kadar uzanan büyük dini ve tarihi değere sahip belgelerin bulunduğu bir müzeye dönüştürülmüş. Şapel ayrıca birçok kişinin, bölgedeki orijinal kiliseden geldiğine inandığı bir tabloyu da içeriyor.
